深夜某偏僻小镇，一组小型施工队挖掘机似乎挖到什么奇怪的东西，工人粗鲁无知，企图使用蛮力将其挖出。谁知土中的碎片竟然组成一副巨大的恶魔骨架，将现场三名工人逐一杀害。此事惊动了当地的治安官史蒂夫·伊云斯（Bruce Boxleitner 饰）和该工程项目的老板克伦特兹（Jim Storm 饰）。此地在很久以前曾是原住民卡通那人的土地，他们为了阻止该项目的实施一直在进行不懈的抗议。工地中挖出的许多古代器皿让克伦特兹倍感不安，他要求工头封锁消息，以防卡通那人借此闹事。为平息克伦特兹对原住民的无端猜测，史蒂夫拜访了卡通那人的族长，得知那是一片邪恶之地，恐怖的食骨者便埋藏于此。时间一分一秒流逝，复活的食骨者展开了最为无情的杀戮…

心灵部队和克拉克总统的政府发现了埋藏在地球太阳系中的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府的排外主义和极权主义日益盛行，并以军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，而火星长期以来与地球的政治关系一直紧张。巴比伦5号也宣布脱离地球独立，其他几个地球联盟的外围殖民地也宣布独立。作为回应，地球联盟试图用武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的暗影威胁的明巴利人的帮助下，这次进攻被击退。

2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱担任空间站的军事长官。他和指挥人员得知，圣地亚哥总统之死实际上是由副总统克拉克（圣地亚哥死后继任总统）策划的暗杀。巴比伦五号指挥人员与灵能军团之间爆发了冲突。灵能军团是一个日益专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。空间站的副指挥官伊万诺娃指挥官其实是一名潜在的心灵感应者，但她一直非法逃避在灵能军团的登记。

2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略引起了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（即“先民”）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。

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