电影的故事围绕一位离婚了的单身父亲展开，他独自抚养儿子。当他开始约会寻找下一段浪漫关系时总是遇到各种问题，并产生了许多啼笑皆非的喜剧。

在一次毒品稽查任务中，阿伦失去了最好的搭档杰夫特；从此，阿伦不仅肩负了追查内鬼，为杰夫特报仇的重任，还承担了四个孩子的责任；可是，孩子们并不喜欢这个凶巴巴的阿伦叔叔，阿伦的生活变得一塌糊涂；整洁温馨的家，听话友好的孩子们，多姿多彩的生活，这一切的变化归功于美丽神秘的吉特走进了这个混乱的家庭，慢慢的阿伦爱上了对自己一往情深的吉特。可是，在那个不寻常的夜晚，她发现了吉特显为人知的另一面……

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。